So bene che non è un argomento prettamente dotnettiano, ma onde evitare "coccoloni" 
a qualcuno (come è successo a me) occorre sapere che esistono vari tipi di tabelle configurabili in MySQL: MyIsam, InnoDb, etc.. (sto utilizzando per test vari la versione 4.1 di MySQL non so se sia ancora così anche nella 5).
Come molti altri, anche io mi sono fatto la mia classe SQL Helper o Data Helper o quello-che-è helper. Utilizzandola in più parti e con più database ormai ho funzioni ben testate che fanno sempre le stesse cose.
Un'operazione comune è quella di fare più query in una transazione e poi in caso di errore di una di queste fare il rollback. Penso che tutti ormai utilizzino le transazioni indipendentemente dal db e dalla complessità dell'applicazione.
Beh, attenzione con MySQL perchè non tutti i suoi tipi di tabelle supportano le transazioni. Ad esempio le tabelle MyIsam (che provengono dalla versione 3) non le supportano e chiamare il rollback della nostra transazione creata da .NET non ha effetto!
Ovviamente è sufficiente cambiare il tipo nella tabella in uso, ma magari è comodo saperlo soprattutto quando il db è preparato da altri! 