Questo post Handling exceptions during a partial update spiega come gestire gli errori quando usiamo Ajax e l'updating parziale tramite Update Panel, impostando AllowCustomErrorRedirect=False sullo Script Manager.
La soluzione che ho adottato io nelle mie web app è quella di gestire i custom errors di ASP.NET, con una pagina dedicata, per tutti gli eventuali errori generati non durante postback parziali.
Nel caso di postback parziali utilizzo AsyncPostBackErrorMessage per visualizzare l'alert di errore.