Segnalo (anche per tenere una traccia un pò meno labile della mia memoria...) che ci sono un paio di articoli molto interessanti su Sql Server Express:
Embedding SQL Server Express into Custom Applications
SQL Server 2005 Express Edition User Instances
che approfondiscono il discorso su come integrare nelle proprie applicazione Sql Server Express e come utilizzare le User Instances di quest'ultimo. Credo che in particolare gli ISV siano interessati a queste tematiche.