Ogni tanto ricevo domande via mail a cui penso sia il caso di rispondere pubblicamente...
allora... ecco la risposta:
Caro xxx,
naturalmente non basta stoppare il servizio come giustamente dici.
La cosa migliore è preparare uno script di backup che mette la Virtual Machine in "Save state", ne fa il backup e poi la fa ripartire dallo stato salvato.
Naturalmente non basta salvare il VHD, ma anche i vari VSV, VUD, etc.. etc...
Se vuoi velocizzare il processo e puoi usare il volume shadow copy service, puoi salvare lo stato, generare una copia al volo dei file, praticamente istantanea, far ripartire la VM e poi fare il backup delle shadow copy.
Altrimenti, puoi usare uno sporco trucco: salvare lo stato, generare un nuovo HD differenziale, far ripartire la VM da quello e fare il backup dei file precedenti... Ma ripeto... per me questo è uno sporco trucco, e alla lunga ti crea più problemi di gestione che altro...
HTH
Naturalmente, oltre alla risposta modello "scrivi a Lorenzo i tuoi problemi di cuore... 
" voglio dare anche un paio di link (presi da Virtual Server Resources):
Leggete bene anche i commenti ai post, perchè contengono suggerimenti interessanti!!!
Un'ultima cosa... Virtual PC non è scriptabile perchè non espone un Object Model...
Quindi in quel caso dovete fare tutto a mano...