Mi sono divertito giocando con il plug-in segnalato da Andrea Saltarello, a parte il fatto che sono ben 27 MB (!) direi che funziona egregiamente, una volta installato e selezionato Windows Installer BootStrapper nelle opzioni di boot del progetto di Setup vi ritroverete nella directory di output questi files:

Config.ini (Contiene i messaggi usati dal setup, localizzabili)
dotnetfx.exe (Il framework!)
Setup.exe (bootstrapper)
Setting.ini (configurazione del bootstrapper)
xxx.msi (il vostro applicativo)

Nella documentazione viene indicato come il bootstrapper possa finalmente porre fine all'ormai famosa domanda "Come installo MDAC?"
Basta creare una Registry Launch Condition e aggiustare la relativa entry nel Launch Contion Editor per avere nell'output directory anche un file mdac_typ.exe.

Per i piu' curiosi segnalo che questi files vengono copiati da
C:\Programmi\Microsoft Visual Studio .NET 2003 Bootstrapper Plug-in\1033

Cosi' nel caso si debbano aggiornare questi files sapete dove agire... ;-)