SQL Server Compact 4.0 non supporta le applicazioni desktop. Se a queste ultime si cerca di aggiungere un tale database, si ottiene un messaggio di errore:
The version of the Microsoft SQL Server Compact database that you are adding to the project is not supported by the project type. The database will be added to the project, but tool such as the Dataset Designer will not work with this database.
Più precisamente, ciò significa che non è possibile aggiungere Entity Data Model ad un'applicazione Windows. SQL Server Compact 4.0 con Entity Framework è supportato solo per le applicazioni Web.
In realtà, esiste un modo per utilizzare Entity Framework con SQL Server Compact 4.0 anche nei progetti desktop, ma non è così immediato. Si deve creare un database con la versione 3.5 (che invece funziona con le applicazioni Windows), avente lo stesso schema di quello con la 4.0, quindi generare il file EDMX basato sul DB 3.5, infine modificare i file app.config e .edmx per puntare agli assembly della versione 4.0 al posto di quelli della 3.5. L'intera procedura è descritta in un articolo del blog Everything SQL Server Compact.