Se aggiornate l' ultima versione del Ajax Control Toolkit (2007-06-06) quando compilate la soluzione verrà aggiunto nei riferimenti l'assembly VsWebSite.Interop che solitamente però non è presente sul server di produzione e quindi causa un errore.
<assemblies>
<add assembly="VsWebSite.Interop, Version=8.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B03F5F7F11D50A3A"/>
</assemblies>
Un primo workaround potrebbe essere quello di eliminare il riferimento del web.config una vota pubblicata la soluzione, sicuramente dobbiamo ricordarci però tutte le volte di ripetere questa azione.
Un secondo è quello di scaricare e compilare l'ultimo source code infatti il baco è già stato risolto.
Oppure aspettare la prossima relise :)
Maggiori informazioni le trovate qui con la issue e il post che parlano del problema.