L'amico Mike ha pubblicato un how-to su come mantenere in sincronia due branch, utilizzando la funzione di merge con le label, anche in presenza di file cancellati.
Ho avuto lo stesso problema da un cliente, che però doveva gestire il tutto tramite uno script di merge automatizzato, e ha adottato un'altra soluzione, tutta programmatica, di confrontare le due strutture di file, eliminando i file "di troppo".
Fate sapere a Mike se avete dei commenti 