Per chi ha deciso di sfruttare i Junction Point di NTFS
come suggerito da Davide...
Ecco un software che vi può venire utile: Junction Icon Overlay.

L'icona verde è di TortoiseCVS, ma quella sulla cartella tools indica la
presenza di un juntion point...
fonte: http://www.larkware.com/dg3/TheDailyGrind606.html