La pubblicazione di SQL Server tramite ISA 2004 seguendo la procedura standard http://www.microsoft.com/technet/prodtechnol/isa/2004/deploy/publishingsql.mspx pare abbia qualche problema.
Per risolvere il problema sembra sia necessario creare un'ulteriore regola per consentire traffico sulla porta tcp 1433 tra localhost (isa) e il SQL Server.
Di seguito il link al tread che ha condotto a queste conclusioni:
http://forum.sysadmin.it/forum_posts.asp?TID=9426