In effetti lo avevo notato e avevo pensato di aver fatto qualche errata configurazione, i puristi diranno il primo errore è stato quello di aver installato Exchange su un controller di dominio.
A quanto pare invece la cosa è normale e a questo articolo trovate la spiegazione e un rimedio:
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;en-us;555025
Se poi volete approfondire vi suggerisco questo:
http://www.msexchange.org/articles/Automating-Quicker-Exchange-2000-2003-DC-reboot.html