Grazie all'aiuto di Alessandro Scardova e di Roberto Scassellati, MVP Microsoft, sono riuscito a venire a capo del problema di cui avevo parlato in questo post. Riporto la risposta che mi ha dato Roberto sul newsgroup microsoft.public.it.windows.vista:
[Il problema è dovuto al fatto che] in D: hai un set di ACL differente da quello che è applicato all'interno del tuo profilo utente. Certo puoi spostare molte delle cartelle all'interno di %userprofile% ma come minimo devi assicurarti che le ACL siano tali da permettere all'utente di accedervi con i diritti necessari per effettuare le operazioni che desidera. Con XP questo non era un grosso problema, con Vista lo diventa a causa di UAC. Beh insomma piu' che di problema di tratta di una funzione di sicurezza, capito che esiste e come funziona ti comporti di conseguenza.
In pratica, ho dovuto aggiungere manualmente il mio account alla lista degli utenti che hanno accesso alla cartella "D:\Users\Marco\Favorites", assegnandogli il controllo completo della directory.