Tra i template che Visual Studio 2005 propone per la creazione di applicazioni destinate a Smart Device ce n'è uno chiamato Console Application:
Ovviamente in questo caso non viene creata un'applicazione a riga di comando (che non esiste su questa piattaforma), bensì un'applicazione senza interfaccia grafica, come correttamente indicato nell'area di descrizione del progetto.
Dunque, Visual Studio utilizza il nome Console Application sia per indicare le applicazioni a riga di comando per PC sia per quelle senza interfaccia grafica indirizzate ai dispositivi palmari. A me sembra che in questo modo si crei un po' di confusione...