Con BizTalk è possibile effettuare il deploy utilizzando diversi strumenti "standard": in particolare utilizzando BtsTask o tramite MSI.
Esiste anche un'alternativa secondo me molto comoda e versatile: SDC Task Library. 
Si tratta di una libreria di task per MSBuild che, tra le tante cose, comprende una buona serie di task per BizTalk 2004 e 2006 con i quali è possibile gestire in modo relativamente semplice praticamente tutti gli aspetti del deploy su BizTalk.
Due vantaggi due:
    MSBuild traccia tutte le fasi dell'esecuzione dello script su colored console in maniera molto chiara;
    utilizzando il flag /l è...