Ciao, può capitare a causa di non so bene cosa (ma potete vedere qui o qui o qui o qui alcuni esempi) che scompaia da IIS Manager il tab ASP.NET, da cui poter ad esempio scegliere se usare il framework 2.0 o precedente.
In questi casi potete provare a cancellare alcune chiavi di registro, cito:
Microsoft comments: If a previous version was not uninstalled correctly, please regedit eliminate all versions except 2.0.0.0 in the following locations:
HKEY_CLASSES_ROOT\CLSID\{7D23CCC6-A390-406E-AB67-2F8B7558F6F6}\InprocServer32\
HKEY_CLASSES_ROOT\CLSID\{FD5CD8B1-6FE0-44F3-BBFB-65E3655B096E} \InprocServer32\
HKEY_CLASSES_ROOT\CLSID\{FEDB2179-2335-48F0-AA28-5CDA35A2B36D}\InprocServer32\
Oppure provare questo simpatico tool ASP.NET Version Switcher:
