Usare due linguaggi diversi all'interno della stessa applicazione web è facile, ma richiede un piccolo accorgimento:
Nella cartella App_Code creare tante cartelle quanti sono i linguaggi, e smistare le classi in base al linguaggio. Esempio:
App_Code
---->CSharp
----->VB
Poi nel web.config è necessario inserire:
<compilation>
<codeSubDirectories>
<add directoryName="VB"/>
<add directoryName="CSharp"/>
codeSubDirectories>
compilation>
E il gioco è fatto!
UPDATE: Come mi fa notare Lorenzo, questo tip si applica solo ad Asp.Net 2.0... :)