Con il Framework .Net 4 è stata semplificata la gestione del ClientID. E' stato infatti introdotto il: clientIDMode che permette di personalizzare la modalità con cui il ClientID viene generato.
Qui
http://msdn.microsoft.com/it-it/library/system.web.ui.control.clientidmode.aspx
e qui
http://www.codeguru.com/csharp/.net/net_asp/controls/article.php/c18225
qualche info in più.