Se non vi girano i vostri servizi scritti con il .NET Framework 4 sotto IIS6, probabilmente la .NET 4 ASP.NET ISAPI extension è disabilitata.
Per abilitarla dovete “solo” lanciare il seguente comando:
cscript iisext.vbs /EnFile C:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319\aspnet_isapi.dll
Maggiori dettagli, ad esempio, qui.
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