C’è un problema di compatibilità tra WSS2.0 e il SP1 del .NET Framework 3.5 che non permette di utilizzare WSS dopo aver installato il nuovo framework.
Il consiglio è di aggiornare WSS alla versione 3.0 prima di installare il SP1, oppure di aspettare la Fix per WSS2.0 che è in lavorazione.
Fonte: http://blogs.msdn.com/sharepoint/archive/2008/08/27/net-framework-3-5-sp1-issue-on-windows-sharepoint-services-v2-0.aspx